El 29 de noviembre de 1874 nace la Escuela de Comercio y Administración como parte del Institutode Ciencias y Artes del Estado de Oaxaca; se ubicaba anteriormente en avenida Independencia, esquina con calle Macedonio Alcalá. La formación en esa época era de dos años; fue en 1875 cuando se amplió a tres, debido a la implementación de nuevos planes de estudio.
En 1921, se instaura la carrera de Contador de Comercio, registrada oficialmente en 1932, con una formación de cuatro años.
En 1947 se implanta la carrera de Contador Público y Auditor con un plan de estudios de siete años.
Es en el año de 1958 cuando el plan de estudios aumenta a ocho años. Esta carrera era cursada después de la primaria.
El 8 de enero de 1961 se instaura la Licenciatura en Administración de Empresas, con un plan de cinco años, siguientes a la preparatoria; la carrera de Contador Público y Auditor queda temporalmente en el nivel medio superior, elevándose también al grado de Licenciatura en 1971.Cuando este cambio ocurre, los estudios a nivel medio superior siguen con el nombre de Contador Privado.
El 8 de enero de 1967, la Escuela de Comercio y Administración se trasladó al edificio ubicado en la Plazuela Antonia Labastida.
En 1973 la Escuela de Comercio y Administración se traslada a lo que conocemos como Ciudad Universitaria. El edificio de la Plazuela Labastida queda ocupado por la carrera de Contador Privado, que en 1980 se convierte en el Bachillerato Especializado en Contaduría y Administración e Informática (BECA).
En este período, las Licenciaturas cambian su denominación a Licenciatura en Administración y Licenciatura en Contaduría Pública, con algunos cambios en sus planes de estudio.
En 1984, los planes de estudio de licenciatura fueron reestructurados para desarrollar las carreras en diez semestres, diversificándose las opciones de titulación.
Diecinueve años después, en 2003, se reformaron los planes y programas de estudio; en el año 2011 estos planes de estudio fueron actualizados.
En agosto de 2011, la FCA ofertó las licenciaturas de Turismo y Desarrollo Sustentable; y
Administración Pública y Gestión Municipal.
En el año de 2012 se creó la licenciatura de Micro finanzas, lo cual permitió diversificar la oferta Académica de nuestra Facultad.
Respecto a los estudios de posgrado, el 21 de abril de 1980 se instaura la Maestría en Administración, hecho que permitió a nuestra Escuela ser la primera de la UABJO en elevar su rango 33 a Facultad; convirtiéndose en la actual Facultad de Contaduría y Administración. Desde entonces la oferta educativa de programas de estudio de posgrado se diversifica, ofertándose la Maestría en Fiscal en el año 2001, el Doctorado en Ciencias de la Administración en el año 2003, Maestría en Ciencias Empresariales y Administración Pública en 2014.